والذي كان له الدور البارز والأكبر في تطوير مدرسة النجف الأشرف للعلوم، لتأخذ مكانتها السامية بين مدن ومدارس العالمين العربي والإسلامي، إذ قَدم (قدس سره) إلى النجف بعد فتن وأحداث بغداد الدامية سنة (448هـ)، فبقيت النجف الأشرف منذ ذلك الوقت تمتد مرة وتنكمش أخرى، لكنها حافظت على مستواها من العلم والرقي حتى يومنا هذا، إذ ترى كل أو معظم علماء المدن الإسلامية ومراجعها قد درسوا في مدارس النجف الأشرف الدينية وجلسوا تحت منابرها وتعلموا من علمائها، وكانت مدرسة الصحن الحيدري الشريف من أقدم هذه المدارس العلمية في النجف، وكان طلبة العلوم يسكنون غرف الطابق العلوي من سور الصحن الشريف حتى عهد قريب.
ولكثرة طلبة العلم القادمين نحو النجف الأشرف بنيت العديد من المدارس ودور العلم نذكر بعضاً منها، والذي يقع أكثرها في مركز المدينة القديمة ومنها:
1ـ جامعة النجف الدينية وتقع على الطريق العام (نجف ـــ كوفة)، بعد ساحة ثورة العشرين على يمين المتوجه من النجف إلى الكوفة، وتتكون من ثلاثة طوابق للدرس والمطالعة ومبيت الطلبة، وعلى يسار الداخل لها يقع مسجدها الذي تقام فيه صلوات الجماعة يومياً، وقد انشأت في خمسينات القرن الماضي، وكان صاحب فكرة إنشائها ومتولي إدارتها منذ التأسيس (السيد محمد كلانتر قدس سره) وبقي كذلك حتى وفاته ليدفن في جامعها.
2ـ مدرسة الآخوند الكبرى وتقع ضمن منطقة الحويش في المدينة القديمة عند نهاية سوق المنطقة المتقدمة (سوق الحويش)، وقد أنشأت سنة (1321هـ ـــ 1902م) من مؤسسها الشيخ محمد كاظم الخراساني (قدس سره).
3ـ مدرسة اليزدي الكبرى وتقع في منطقة الحويش أيضا ضمن جهة شارع الرسول صلى الله عليه وآله وسلم، والتي تعتبر من مدارس النجف الدينية المشهورة بعمارتها الجليلة وفخامة بنائها وطرازها المزخرف، وقد أنشأت سنة (1325هـ ــ 1906م) من مؤسسها السيد محمد كاظم الطباطبائي اليزدي (قدس سره).
4ـ مدرسة الآخوند الوسطى في شارع الإمام الصادق عليه السلام.
5ـ مدرسة الآخوند الصغرى في منتصف شارع الرسول صلى الله عليه وآله وسلم.
6ـ مدرسة القوّام قرب الصحن الشريف خلف جامع الشيخ الطوسي (قدس سره).
7ـ المدرسة المهدية قرب الصحن الشريف خلف جامع الشيخ الطوسي (قدس سره).
8ـ المدرسة الشبّرية في منطقة البراق من المدينة القديمة.
9ـ مدرسة القزويني قرب الصحن الشريف في بداية منطقة الحويش.
10ـ مدرسة الشيخ محمد حسين كاشف الغطاء في شارع الشيخ الطوسي مقابل الصحن الشريف.
11ـ مدرسة الإمام الصادق عليه السلام في بداية شارع الإمام زين العابدين عليه السلام من جهة الميدان.
12ـ مدرسة البروجردي الكبرى (الإمام الحسن عليه السلام) في شارع الإمام الصادق عليه السلام.
13ـ مدرسة الصدر الأعظم (الإمام موسى الكاظم عليه السلام) في شارع الرسول صلى الله عليه وآله وسلم.
14ـ المدرسة السليمية وهي الأقدم بين المدارس إذ أسست في القرن التاسع الهجري.
15ـ مدرسة الأزري في منطقة خان المخضر.
16ـ المدرسة اللبنانية في منطقة خان المخضر.
17ـ مدرسة عبد العزيز البغدادي في ساحة ثورة العشرين.
18ـ مدرسة السيد عبد الله الشيرازي المتوفى في الأول من محرم عام (1405هـ)، وهي في منطقة الجديدة الشارع الخامس.
19ـ المدرسة الباكستانية.
20ـ المدرسة المهدية.
21ـ مدرسة البخارائي.
22ـ مدرسة الهندي.
23ـ مدرسة الإمام الحكيم.
24ـ جامعة الإمام المهدي النموذجية.
وهناك غير ما تقدم من المدارس إضافة إلى مدارس كثيرة أخرى اندثرت وأزيلت، ومنها:
1ـ مدرسة دار العلم.
2ـ مدرسة الخليلي الكبرى.
3ـ مدرسة الخليلي الصغرى.
4ـ مدرسة دار الحكمة.
5ـ مدرسة الجزائري.