في الجهة الغربية من الصحن العلوي المطهر وعلى مسافة تصل إلى حوالي (500) متر منه يقع مقام الإمام زين العابدين عليه السلام، وتشير المصادر التاريخية إلى أن الإمام عليه السلام كان يتردد منه إلى زيارة جده أمير المؤمنين الإمام علي عليه السلام.
والمقام يقع خارج سور المدينة الذي هدم قبل سنوات عدة، وقد قام أحد ضباط النظام السابق في الانتفاضة الشعبانية سنة (1991م) وبموافقة الحكومة بهدم عمارة المقام بالكامل من خلال تفجيره بالديناميت.
ويذكر أن للإمام زين العابدين عليه السلام مقاما آخر ملاصق للصحن الشريف قرب باب الفرج من الجهة الغربية من الصحن الشريف.